Sebagai sebuah Perguruan Tinggi Swasta Universitas Merdeka Malang telah melintasi sejarah panjang sebuah proses pemberdayaan sumber daya manusia, sejak berdiri tanggal 29 Januari 1964. Pada tahun itulah secara resmi sebuah Yayasan Pendidkan berdiri dengan nama yayasana Perguruan Tinggi Universitas Merdeka malang Pusast di Malang dengan pendiri : R. Edwin Soedardji, Soekiman Dahlan, SH., Frasnsiscus Soetrisno, Soegondo, Soetikno, SH., Dharma . Nama Yayasan ini kemudian diubah pada tahun 1972 menjadi Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang ( selanjutnya disingkat : YPTM).
Menurut Akta Nomor 5.a tanggal 5 Juli 1964 badan hukum yang mengelola Universitas Merdeka adalah Yayasan perguruan Tinggi Merdeka Pusat Malang. Pada tahun 1972 dengan Akta Nomor 32 tahun 1972 nama Yayasan diubah menjadi : Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka. Selanjutnya pada tahun 1983 kembali Yayasan dikukuhkan dengan Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka.
Yayasan Perguruan tinggi Merdeka (YPTM) merupakan Yayasan swasta murni. Sebagai Yayasan swasta, YPTM mengemban du (2) fungsi utama, yaitu (1) fungsi pertahanan ideologi negara. Fungsi ini menuntut YPTM bertindak sebagai lembaga yang ikut serta dalam mempertahankan, mengamankan, mengamalkan Pancasila dan UUD 1945; (2) fungsi sebagai lembaga ilmiah yang akan melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
Dalam rangka mengemban kedua fungsi tersebut, YPTM bersama dengan Universitas Merdeka Malang melakukan berbagai langkah pembenahan. Termasuk dalam langkah pembenahan adalah penataan fungsi YPTM di satu sisi dan Universitas Merdeka di sisi yang lain. Universitas diserahi mengangani aspek pengembangan akademik, sedangkan YPTM mengangani aspek "money, man, material". Rencana pengembangan universitas, dengan tersebut, menghasilkan program-program dan tahapan perencanaan yang disusun secara sistematis, yaitu :
Tahapan konsolidasi : tahun 1972-1974
Tahapan Stabilisasi : tahun 1974-1976
Rencana Pengembangan yang diawali dengan : Rencana Induk Pengembangan Tahap I : tahun 1976-1983
Rencana Induk Pengembangan II : tahun 1983-1987
Rencana Induk Pengembangan III : tahun 1987-1991, melalui Surat Keputusan ketua Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang Nomor : Skep-032/YPTM/VI/1987, tanggal 20 Juni 1987.
Rencana Induk Pengembangan IV : tahun 1993-1997, melalui Surat Keputusan Ketua Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang Nomor : Skep-99/YPTM/XII/1993, tanggal 28 Desember 1993.
Berkat kerja keras dan keterpaduan semau unsur sivitas akademika, baik di tingkat yayasan mupun universwitas, maka secara bertahap kemajuan-kemajuan di bidang akademik amupun non akademik atau pembangunan fisik, muali memperlihatkan hasilnya. Konslidasi yang dilakuakan mulai tahun 1974 s/d 1982, sudah mampu memperlihatkan keberadaan Universitas Merdeka Malang di tengah-tengah perguruan tinggi seasta di Kotamadya Malang pada khususnya dan di Jawa Timur pada umumnya.
Konsolidasi ke dalam khususnya penataan kelembagaan Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang, semenjak tahun 1983 melalui akta No.122 tahun 1983, Ketua Umum Yayasan perguruan Tinggi Merdeka Malang diganti dari Kol (Purn) Supajo kepada Kol. Inf. Matrodji bersamaan dengan pergantian Rektor dari Lektkol Ckh. S. Hari Muljono, SH., kepada Letkol dr. Wahjoetomo, DSPD. Kemudian pada periode baerikutnya, tahun 1986, Ketua Yayaan Perguruan tinggi Merdeka Malang diganti oleh Kol. (Purn.) Matrodji kepada Brigjend. (Purn) Sugiyono hingga masa jabatan tahun 1996. Tahun 1996 jabatan Ketuan Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang dan Rektor Universitas Merdeka Malang dilanjutkan oleh Kol (Purn) dr. H. Sumadi Abdullah, DSB dan Kol (Purn) dr. H. Rusman, DSKJ.
Di samping perkembangan kelembagaan di atas, dibidang akademik dicapailah kemajuan-kamjuan yang cukup berarti. Kemajuan tersebut ditandi oleh pemberian STATUS DISAMAKAN oleh pemerintah kepada Fakultas-Fakultas di lingkungan Universitas Merdeka Malang, melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesi Nomor 0343/0/1985, tanggal 29 Juli 1985, yakni untuk Fakultas Hukum Jurusan perdata, Pidana dan Jurusan tata Negara, Fakultas Ekonomi Jurusan Manajemen dan Fakultas Ilmu sosial dan Ilmu Politik Jurusan Administrasi Negara. Perkembangan berikutnya, melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan kebudayaan republik Indonesia Nomor : 0480/0/1986, tanggal 30 Maret 1987, pemberian STATUS DISAMAKAN untuk Fakultas Ekonomi Jurusan Akuntansi. Berkat kerja keras semua pihak, sejak tahun 1983 hingga 1998 Universitas Merdeka Malang berkembang pesat. Perkembangan ini nampak pada jumlah mahasiswa yang hingga 1997 berjumlah kurang lebih 14. 000 orang mahasiswa Dengan perkembangan yang demikian, memberikan gambaran bahwa Universitas Merdeka Malang di bawah YPTM merupakan sosok Perguruan Tinggi Swasta yang keberadaannya makin berkualitas baik ditangkat regional maupun nasional.
HUBUNGAN ANTARA UNMER DENGAN KODAM VIII / BRAWIJAYA (sekarang KODAM V / BRAWIJAYA).
Hubungan antara YPTM dan Universitas Merdeka Malang dengan KODAM VIII/BRAWIJAYA merupakan bagain dari proses sejarah berdirinya YPTM. Konteks sejarah inilah yang pertama-tama mendasar hubungan antara YPTM dengan KODAM VIII/BRAWIJAYA. Di samping konteks kesejarahan, kesamaan misi dan fungsi yang diemban mendorong kerjasama antara YPTM dengan KODAM VIII/BRAWIAJAYA sama mengemban fungsi memepertahankan, mengamankan, dan mengamalkan Pancasila dan UUD 1945. jadi sebagai kubu pertahanan ideologi Pancasila.
Atas dasar di atas, lebih lanjut ketua Pendiri Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang, Kolone R. Edwin Soedardji mengajukan permohonan kepada Pangkodam VIII/BRAWIJAYA. Dan permohonan tersebut, dikabulkan oleh Pangdam VIII/Brawijaya, serta diterbitkan Keputusan dengan Surat Keputusan nomor: Kep-17/III/12/1968 tanggal 17 Desember 1968. Maka bertepatan dengan HUT Kodam VIII/Brawijaya yang ke XXIII tanggal 17 Desember 1968, Universitas Merdeka dinyatakan berinduk pada Slagorde KODAM VIII/Brawijaya (sekarang Pandan V/Brawijaya) bertindak selaku pembina utama dari Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Malang dan Universitas Merdeka Malang sedangkan untuk pelaksanaan tugasnya sehari-hari Universitas Merdeka Malang berada di bawah Pembina harian Komando Rresort Militer 083/Bhaladhika Jaya, dalam hal ini Komandan Korem 083/Bhaladika Jaya adalah Ex-officio Pembina Harian Universitas Merdeka Malang
